Mikroorganizmalar, gözle görülmeyen, genellikle mikroskopla incelenmesi gereken canlı organizmalardır. Çeşitli türleri bulunmakta olup, bakteri, virüs, mantar ve protozoa gibi gruplara ayrılır. Mikroorganizmalar, Dünya üzerindeki yaşamın temel yapı taşlarından biridir.
Mikroorganizmaların "görülmemesi" ifadesi, genellikle bu canlıların çıplak gözle algılanamadığı anlamına gelir. İnsan gözünün çözünürlük kapasitesi, bu küçük canlıları ayırt etmemize olanak tanımaz. Örneğin, bakteriler genellikle 0.5 ila 5 mikron boyutundadır. Bununla birlikte, bazı mikroorganizmalar özellikle laboratuvar koşullarında büyütülerek veya belirli teknikler kullanılarak görülebilir hale getirilebilir.
Mikroorganizmaların görünmemesi, onların doğadaki rolleri ve etkilerine olan bakış açımızı etkilemez. Bu canlılar birçok ekolojik, biyolojik ve sağlıkla ilgili süreçte önemli rol oynamaktadır.